财新记者调查发现，支付宝股权经过两次交易，由阿里巴巴集团全部转移至马云本人控股的浙江阿里巴巴电子商务有限公司(下称浙江阿里巴巴)，总价为3.3亿元。财新记者查阅的工商资料显示，浙江阿里巴巴成立于2000年10月，目前的注册资本为7.1亿元人民币，公司股东为马云和谢世煌，后者为阿里巴巴集团18位创始人之一，两人分别投资5.688亿元和1.422亿元，持股比例为8:2。
财新记者独家获悉，支付宝股权脱离阿里巴巴集团的过程并非一步到位，而是分两次进行。支付宝2004年成立后，全部股权由阿里巴巴集团在英属开曼群岛注册的离岸公司Alipay Ecommerce Corp(下称Alipay)持有。
2009年6月1日，Alipay将支付宝70%的股价以2240万美元的价格转让给浙江阿里巴巴，支付宝由一家外资独资企业变为一家由内资企业绝对控股的中外合资企业。
2010年10月，中国人民银行出台了涉及第三方支付业务的《非金融机构支付服务管理办法》(下称管理办法)，规定申请从事支付服务的，必须为国内依法设立的有限责任公司或股份有限公司，同时指出，外商投资支付机构的业务范围，境外出资人的出资条件和出资比例等，由中国人民银行另行规定，报国务院批准。
一位消息人士对财新记者表示，“央行其实以一种很委婉的态度告诉支付宝，合资身份意味着要向国务院去汇报，因此没有资格参与对央行发布牌照的申请”。
2010年8月6日，支付宝召开董事会，决定以2010年5月31日为估价转让基准日，按照当日的股价评估价，以1.6489亿元的价格将其持有的支付宝剩余30%的股份转让给浙江阿里巴巴，交易完成后，浙江阿里巴巴获得支付宝全部股份。
针对支付宝股权转移，阿里巴巴集团股东雅虎5月13日发表声明，称支付宝股权转移未能获得董事会董事和股东批准，事后阿里巴巴集团向雅虎披露了有关重组事宜，目前雅虎和阿里巴巴正就支付宝股权重组事宜进行谈判。
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